Η Πάτμος είναι σχετικά μικρό νησί με έκτασή που φθάνει περίπου τα 34,5 τ.χλμ., με έδαφος βραχώδες και άγονο. Το νησί αποτελείται κυρίως από τρία τμήματα συνδεόμενα μεταξύ τους από δύο ισθμούς. Το έδαφός του νησιού είναι ηφαιστειογενές και πλούσιο σε θρύλους. Αποτελείται ως επί το πλείστον από ηφαιστειακά πετρώματα που προήλθαν κυρίως από εκρήξεις που έγιναν πριν από 7-5 εκατομμύρια χρόνια.Η τελευταία ηφαιστειακή δραστηριότητα συνέβη πριν απο 4 εκατομμύρια χρόνια. Ωστόσο δεν γνωρίζουμε από ποια έκρηξη προέρχεται η ηφαιστειακή στάχτη που καλύπτει το μεγαλύτερο μέρος του νησιού. Το μόνο μη ηφαιστειακό τμήμα του νησιού βρίσκεται νοτιοδυτικά και αποτελείται από μάρμαρα.
Κοντά στην πόλη της Σκάλας, βρίσκεται η σπηλιά του Αγίου Ιωάννη , περίπου στο κέντρο του νησιού και είναι σχετικά μικρή, ενώ στην οροφή της είναι εμφανής η τριπλή σχισμή. Στο εσωτερικό της σπηλιάς ξεχωρίζει η λαξευμένη εσοχή του βράχου όπου ο Ιωάννης ακουμπούσε το κεφάλι του. Η πόλη της Σκάλας είναι χτισμένη σε πρόσφατα ιζήματα που περιβάλλονται από τους γύρω ηφαιστειογενείς λόφους. Τα διαφορετικά χρώματα των βράχων στους λόφους αντανακλούν σε μεγάλο βαθμό την ιστορία τους μετά την κρυστάλλωση. Τα βρόχινα νερά, θερμάνθηκαν από την ηφαιστειακή δραστηριότητα, κυκλοφορήσαν μέσα από τα βράχια και μετά οξειδώθηκαν σε ροζ και κόκκινα, ή τελικά μετατράπηκαν σε άργιλο. Μαύρα και καφέ οξείδια σιδήρου μπορεί επίσης να αποτέθηκαν από αυτά τα τρεχούμενα νερά.
Ο δρόμος από τη Σκάλα προς τη Χώρα, οδηγεί στο «Ιερό Σπήλαιο». Το σπήλαιο είναι μία φυσική προεξοχή, που δημιουργήθηκε από τη διάβρωση των ασθενέστερων υποκείμενων πετρωμάτων και το οποίο έχει διευρυνθεί τεχνητά. Το υπόβαθρο από λάβα τραχυανδεσίτη περιέχει μεγάλους κρυστάλλους πλαγιόκλαστου και βιοτίτη. Οι σχισμές στις οποίες αποδόθηκε η φωνή του Θεού φαίνεται να είναι συνδέσεις τύπου joint(διάκλαση) στο βράχο που σχηματίστηκε είτε από συστολή κατά την ψύξη ή τη μείωση της πίεσης από τη διάβρωση των υπερκείμενων πετρωμάτων.
Η πόλη της Χώρας απλώνεται σε ένα λόφο ύψους 152 μέτρων πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας. Αυτός ο λόφος δεν είναι τίποτα άλλο από τα ερείπια ενός ηφαιστείου που δημιούργησε τις γύρω λάβες από τραχυανδεσίτη της κύριας ηφαιστειακής σειράς. Η διάβρωση αναδιαμόρφωσε το ηφαίστειο και σε ορισμένα σημεία μπορεί να έχουν αφαιρεθεί μεγάλες ποσότητες βράχου. Τα κτίρια της Χώρας σε μεγάλο βαθμό κατασκευάστηκαν από τις λάβες που αποτελούν το μεγαλύτερο μέρος του λόφου.
Γεωδίφης
Πηγές-
1. Les roches volcaniques de l’ile de Patmos- Robert.U, 1973
,2.Φωτογραφία πανοραμική 360 μοιρών της σπηλιά της Αποκάλυψης– Καβουκλής, 3.Φωτογραφία από Panoramio Google Earth